Seit 1809 war das Schloss zu einem Staatsgefängnis umfunktioniert worden. Diebstähle, Forstfrevel und Bettelei zählten zu den häufigsten Haftgründen. Trotz einer mit Bibeln, Gebets- und Andachtsbüchlein gut bestückten Gefängnisbücherei (Dok. 4.6) verpufften die Maßnahmen zur religiösen und sittlichen Besserung der Insassen meist wirkungslos; trotz eines ausgefeilten Strafkatalogs, der von Kürzung bzw. Streichung des Arbeitslohns über Kostentzug bis zur Dunkelhaft reichte, ließ die Disziplin durchaus zu wünschen übrig. Gelegentlich flohen Häftlinge bei auswärtigen Arbeitseinsätzen (Dok. 4.8) oder sonntäglichen Kirchgängen. Am 3. Juni 1810 suchten drei Inhaftierte das Weite, als der Stockmeister mit den übrigen Gefangenen in der Kirche weilte. Die Schildwache eröffnete umgehend das Feuer auf die Flüchtenden, wobei ein Häftling getötet und die unglücklicherweise in der Schussbahn stehende Gattin des Stockmeisters lebensgefährlich verletzt wurde (Dok. 4.7).

Daher waren 1834/35 die Marburger Professoren alles andere als begeistert, als das kurhessische Innenministerium vorübergehend mit dem Gedanken spielte, in dem zum Staatsgefängnis umfunktionierten Gebäudekomplex einen "Campus" einzurichten, um die Raumnot der Universität zu beheben (Dok. 6.2). Während dieser Plan vom Kasseler Innenministerium angesichts der ablehnenden Haltung der Universitätsgremien rasch verworfen wurde, blieb die Obrigkeit in einem anderen Fall stur. 1839 wurde der linksliberale Marburger Staatsrechtler Sylvester Jordan (Dok. 4.2), Miturheber der kurhessischen Verfassung von 1831, wegen angeblichen Hochverrats für einige Jahre im Schlossgefängnis inhaftiert. Ob Jordan zu Recht oder zu Unrecht einsaß, war in Juristenkreisen heftig umstritten. Seine Gesinnungsgenossen erwiesen dem prominenten Häftling ihre Referenz, indem sie Gedichte und Pamphlete veröffentlichten und Jordan zum Volkshelden stilisierten - gemäß der Devise: Das ist ein Mann, verkünde sein Leiden, und Du erzählst des ganzen Volkes Not (Dok. 4.4). Auf Stichen und in Streitschriften aus den frühen 1840er Jahren erscheint das Schloss als Zwingburg und Symbol staatlicher Unterdrückung.